Nhờ điều kiện tự nhiên thuận lợi, Thành phố Hồ Chí Minh trở thành một đầu mối giao thông quan trọng của Việt Nam và Đông Nam Á. Khác với Hà Nội, vận tải thủy ở Thành phố Hồ Chí Minh chiếm tỷ lệ quan trọng. Tính riêng vận tải hàng hóa, đường biển chiếm khoảng 29% và đường sông chiếm khoảng 20% tổng khối lượng thông qua đầu mối thành phố. Đường bộ chỉ chiếm 44% vận tải hàng hóa nhưng chiếm tới 85,6% vận tải hành khách[125]. Về giao thông đường không, Sân bay quốc tế Tân Sơn Nhất là sân bay lớn thứ hai Việt Nam về diện tích và lớn nhất về công suất nhà ga[126]. Năm 2006, vận tải thành phố đã vận chuyển tổng cộng 73.743 tấn hàng hóa, 239 triệu lượt người và bốc xếp 44.341 tấn hàng.[127] Đến tháng 9 năm 2011, toàn thành phố có 480.473 xe ôtô và 4.883.753 xe môtô.[128]

Đường bộ

Thống kê giữa năm 2017 cho thấy thành phố có tới gần 7,6 triệu xe máy (chiếm 1/3 lượng xe máy cả nước) và khoảng 700.000 ôtô, trong khi tổng dân số là 13 triệu[59]. Ùn tắc giao thông ảnh hưởng đến sự phát triển kinh tế và là một trong những thách thức của thành phố.

Những năm gần đây, hạ tầng đường bộ của thành phố đã có nhiều đổi thay ngoạn mục. Hiện nay, thành phố được kết nối với các vùng qua hai đường cao tốc chính: Đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Long Thành - Dầu Giây và Đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh - Trung Lương. Ngoài ra, các tuyến Quốc lộ và Xa lộ cửa ngõ cũng đã được đầu tư mở rộng đáng kể, như tuyến Đại lộ Nguyễn Văn Linh (Nam Sài Gòn), Xa lộ Hà Nội (đi Biên Hòa) và Đại lộ Đông – Tây cùng Hầm Thủ Thiêm vượt sông Sài Gòn. Thành phố cũng đầu tư nhiều cầu lớn để tăng cường giảm tải lưu lượng xe cộ ra ngoại thành, tiêu biểu là Cầu Phú Mỹ, Cầu Sài Gòn 2 và Cầu Thủ Thiêm.

Giao thông trong nội đô, do tốc độ tăng dân số nhanh, quy hoạch yếu, hệ thống đường sá nhỏ... khiến thành phố luôn phải đối mặt với vấn đề ùn tắc. Thành phố có 239 cây cầu nhưng phần lớn chiều rộng nhỏ hơn chiều rộng của đường nên gây khó khăn cho các phương tiện giao thông. Không những thế, một phần các cây cầu có trọng tải thấp hay đang trong tình trạng xuống cấp. Tại các huyện ngoại thành, hệ thống đường vẫn phần nhiều là đường đất đá. Trong khi đó, hệ thống đường trải nhựa còn lại cũng trở nên quá tải, cần sửa chữa.[125]

Thành phố có 2 bến xe khách liên tỉnh được phân bố ở các cửa ngõ ra vào: Miền Đông, Miền Tây cùng vài bến xe phụ trợ ở Quận 8, An Sương và Ngã Tư Ga. Mạng lưới khả năng tiếp nhận trên 1.200 xe/ngày, vận chuyển gần 41.000 khách/ngày đi các tỉnh Nam Trung Bộ, Tây Nguyên, Đông Nam Bộ, Đồng bằng sông Cửu Long. Nhiều hãng xe tư nhân cũng tham gia vận chuyển hành khách vào các bến bãi không chính thức ở nhiều khu vực nội đô, gần khu dân cư và trung tâm du lịch. Cũng theo số liệu từ 1994, tổng lượng hành khách liên tỉnh qua thành phố khoảng 106,4 triệu lượt người/năm, nhiều nhất qua quốc lộ 1A.[125]

Đường sắt

Giao thông đường sắt của thành phố gồm tuyến nội ô và khu vực phụ cận do Xí nghiệp Liên hiệp đường sắt 3 quản lý, tuyến Bắc - Nam và một vài đoạn đường chuyên dụng, hiện hầu như đã ngưng khai thác. Trong thành phố có hai nhà ga chính: Sóng Thần và Sài Gòn. Bên cạnh đó còn có một số nhà ga nhỏ như Dĩ An, Thủ Đức, Bình Triệu, Gò Vấp. Do mạng lưới đường sắt không được nối trực tiếp với các cảng, cơ sở đã cũ kỹ nên giao thông đường sắt Thành phố Hồ Chí Minh không phát triển, chỉ chiếm khoảng 6% khối lượng hàng hóa và 0,6% khối lượng hành khách.[125]

Đường thủy

Thành phố hiện có tuyến đường thủy chở hành khách liên tỉnh là tuyến tàu cánh ngầm nối Cảng Nhà Rồng với Cảng Cầu Đá, Thành phố Vũng Tàu. Ngoài ra còn có khoảng 50 bến đò, phà phục vụ giao thông hành khách, trong đó lớn nhất là Phà Cát Lái nối Quận 9 với huyện Nhơn Trạch, tỉnh Đồng Nai.

Khu vực Thành phố Hồ Chí Minh có 4 cảng biển chính: Sài Gòn, Bến Nghé, Nhà Bè, Tân Cảng cùng các cảng sông Bình Đông, Tân Thuận, Tôn Thất Thuyết, Bình Lợi, Bình Phước... Cảng Sài Gòn là một trong những cảng lớn nhất Việt Nam, chiếm 25% trong tổng khối lượng hàng hóa thông qua các cảng biển cả nước. Cảng Bến Nghé nằm phía hạ lưu sông Sài Gòn, rộng 32ha, tổng chiều dài cầu cảng 528m, có thể cho tàu có tải trọng từ 15.000 – 20.000 tấn cập bến. Tuy năng lực của các cảng của Thành phố Hồ Chí Minh lớn nhưng việc chuyển tiếp giữa giao thông đường bộ, đường biển và đường sông gặp khó khăn. Tại hầu hết các cảng đường sông, do thiết bị thiếu, vẫn phải bốc dỡ thủ công.[125]

Đường hàng không

Sân bay Quốc tế Tân Sơn Nhất nằm trên địa bàn Quận Tân Bình, Thành phố Hồ Chí Minh, cách trung tâm thành phố chỉ 5 km. Đây là sân bay nhộn nhịp nhất và có lưu lượng vận chuyển cao nhất cả nước[129], là cửa ngõ hàng không quốc tế lớn của khu vực Đông Nam Á, với hơn 25 triệu lượt khách đi và đến.[130] Hiện có 43 hãng hàng không quốc tế mở đường bay đến sân bay này. Trong tương lai, khi sân bay quốc tế Long Thành được hoàn tất xây dựng và mở cửa, sân bay này sẽ gánh một lượng hành khách đáng kể từ Tân Sơn Nhất, giúp giảm tình trạng quá tải hiện tại.

Giao thông công cộng

Để giải quyết vấn đề giao thông đô thị, Thành phố Hồ Chí Minh đang đầu tư cho hệ thống giao thông công cộng. Hiện nay, Thành phố có 3.250 xe buýt và 8.000 xe taxi, mỗi năm chỉ đáp ứng khoảng 6,2% nhu cầu đi lại. Trong đó, hệ thống xe buýt được phục hồi từ năm 2002 đóng vai trò chủ đạo của Thành phố. Mặc dù được đầu tư nâng cấp cơ sở vật chất và trợ giá trên hầu hết các tuyến, mạng lưới này chưa đem lại hiệu quả cao, 65% tuyến trùng lặp. Cùng mạng lưới xe buýt, dự án tàu điện ngầm Thành phố Hồ Chí Minh cũng được đang tiến hành. Theo dự kiến, thành phố sẽ có 4 tuyến, tổng chiều dài 54 km, 6 đường rày và 22 nhà ga. Dự kiến đến năm 2019, tuyến metro đầu tiên sẽ đi vào hoạt động.[131] Bên cạnh đó, dự án các tuyến buýt đường sông Thành phố Hồ Chí Minh cũng đã được lên kế hoạch và hiện đang vận hành khai thác tuyến buýt đường sông số 1 (Bạch Đằng, Q.1 - Linh Đông, Q.Thủ Đức).